Johnny Eck được sinh ra trong tầng lớp lao động, có bố mẹ là Amelia Dippel và John Eckhardt, Sr. sống trong một ngôi nhà ở Baltimore. Eck có người chị tên là Carolyn và người em sinh đôi là Robert, cả hai người này không bị khuyết tật bẩm sinh như Eck: Eck được sinh ra với phần thân từ bộ xương sườn trở xuống không có, và lưỡi thì bị gắn chặt vào má. Khi sinh ra, Eck nặng 2 pound và dài chưa đầy 8 inch.

Eck được người chị Caroline dạy tại nhà và biết đọc, viết khi lên 4 tuổi. Lên 7 tuổi, Eck và người anh trai đi đến trường học. Anh nhớ rằng khi đó rất nhiều học sinh đã "đánh lộn lẫn nhau để được quyền nhấc bổng tôi lên", và các cửa sổ ở lớp học được bôi đen để tránh những con mắt tò mò của đám đông bên ngoài trong khi Eck và các bạn đang học.

Eck rất thích vẽ và làm mộc và có thể dùng hàng giờ đồng hồ cùng với anh trai chạm khắc và vẽ nghệ thuật.